Fundada no dia 1º de junho de 1954, a Associação Atlética Flamengo, ou Flamengo de Guarulhos, como é conhecido, é fruto de uma homenagem ao Flamengo-RJ feita pela torcedora do rubro negro e idealizadora do clube guarulhense Guiomar Pereira. Suas cores seguem as do clube carioca, vermelho e preto, e tem o corvo como mascote.
Por mais de 20 anos a equipe permaneceu no esporte amador e foi uma das forças do Campeonato Guarulhense de Futebol. Entre 1969 e 1977 a equipe foi heptacampeã do torneio. Com os resultados obtidos a diretoria acabou por se filiar à Federação Paulista de Futebol.
Em 1979, disputando a terceira divisão do Campeonato Paulista de Futebol, reuniu diversas equipes para se fortalecer na competição. Em 1980 foi erguido o Estádio Antônio Soares de Oliveira, no Jardim Tranquilidade, que se tornou o “Ninho do Corvo”, onde o time treina e manda seus jogos até hoje.
Entre 1994 e 1997 o time somou mais quatro títulos municipais e em 1996 foi Campeão Paulista Amador de Futebol. A partir de 1998 ficou em definitivo no profissionalismo. Disputou o Campeonato Paulista de Futebol de 1998 – Série B2 e terminou em 3º. Em 1999 sagrou-se campeão e garantiu vaga na Série B1. Em 2000 conquistou o título da B1 e o acesso para a Série A3. Em 2001, um novo acesso, para a A2. Em 2008 o clube conquistou o título da Série A3 e o consequente acesso à Série A2.
