Fundada em 1º de fevereiro de 1964 com as cores verde e branco, a Associação Desportiva Guarulhos inicialmente levava o nome de Associação Desportiva Vila das Palmeiras.
Como Vila das Palmeiras a equipe participou de diversas competições amadoras na cidade. Segundo relatos, as primeiras aparições da equipe em campos de várzea foram em 1957. O respeito conquistado pelo time veio entre 1964 e 1971, quando o clube intensificou suas participações. A oficialização e o registro do clube vieram em 1º de dezembro de 1972, passando a disputar a Liga Municipal de Guarulhos como time amador.
A profissionalização veio em 1981, quando passou a disputar as competições da Federação Paulista de Futebol. No mesmo ano, a equipe disputou a terceira divisão com jogos no Estádio Cícero Miranda, na Vila Rosália. A primeira vitória da equipe profissional aconteceu no dia 28 de março de 1981 no Cícero Miranda diante do Jacareí Atlético Clube.
O nome AD Guarulhos surgiu em 1993 com o objetivo de criar uma maior identificação com o município. Em 1994 o clube passou a utilizar as cores da cidade: azul, vermelho e branco. Nesse mesmo ano, fez sua melhor campanha, sendo vice-campeão da Série B1.
Em 2003 o clube se afastou das competições da federação e retornou em 2004 na Série B2. Em 2005 disputou a segunda divisão do Campeonato Paulista.
A mascote do clube, em alusão aos primeiros povos da cidade, é o índio, conhecido também como Índio da Metropolitana.
